Sekretariati përbëhet nga stafi profesionale dhe puna e tij drejtohet nga Sekretari.

Sekretariati ka për detyrë menaxhimin e rasteve, sigurimin e efikasitetit të procedurës së arbitrazhit, ndihmën e arbitrave dhe kryerjen e detyrave tjera të menaxhimit të rasteve të parapara nga Rregullat e Arbitrazhit të Kosovës.

Sekretariati është gjithashtu përgjegjës per organizimin e ngjarjeve dhe publikimeve.